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任何一种组织形式都有其优缺点，没有一种形式是能适用一切场合的，甚至是在同一个项目的寿命期内。矩阵组织的优点如下：
1、强调项目组织是所有有关项目活动的焦点；
2、项目经理拥有对人力、资金等资源的最大控制权，每个项目都可独立地制定自己的策略和方法；
3、职能组织中专家的储备提供了人力利用的灵活性，对所有计划可按需要的相对重要性使用专门人才；
4、由于交流渠道的建立和决策点的集中，对环境变化以及项目需要能迅速地做出反应；
5、当不再需要项目时，项目人员有其职能归属，大家都返回原来的职能部门。由于关键技术人员能够为各个项目所共用，充分利用了人才资源，使项目费用降低，并有利于项目人员的成长；
6、矛盾最少，并能通过组织体系容易地解决；
7、通过内部检查和平衡，以及项目组织与职能组织间的经常性协调，可以得到时间、费用以及运行的较好平衡。
但矩阵组织的缺点也显而易见：
1、需要对职能组织与项目组织间的平衡持续地进行监控，以防止双方互相削弱对方；
2、在开始制定政策和方法时，需要花费较多的时间和劳动量；
3、每个项目都是独立进行的，容易产生重复性劳动；
4、如果项目经理和部门负责人没有很好的沟通协调，项目参与人员同时听命于两个领导的指挥，往往无所适从。
矩阵组织中的职权以纵向、横向和斜向在一个公司里流动，因此在任何一个项目的管理中，都需要有项目经理与职能部门负责人的共同协作，需要二者很好地结合起来。要使矩阵组织能有效地运转，必须考虑和处理好以下几个问题：
1、如何创造一种能将各种职能综合协调起来的环境。由于存在每个职能部门从其职能出发，只考虑项目某一方面的倾向，考虑和处理好这个问题是很必要的；
2、一个项目中哪个要素比其他要素更重要？是由谁决定的？考虑这个问题可使主要矛盾迎刃而解；
3、纵向的职能系统应该怎样运转才能保证实现项目的目标，而不与其他项目发生矛盾。
要处理好这些问题，项目经理与职能部门负责人要相互理解对方的立场、权力以及职责，并经常进行磋商；
（转自微信公众号“高登项目管理”，2014.8.24）
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